Paris, im Sommer 1940: Die französische Hauptstadt ist von der Wehrmacht besetzt. Der deutsche Priester Franz Stock betreut als Seelsorger Gefangene, die auf die Vollstreckung ihrer Todesurteile warten, vor allem Widerstandskämpfer.  Er wird Zeuge von 863 Hinrichtungen, die er in seinem Tagebuch erwähnt.
„Das Tagebuch des Abbé Stock“ führt an die Originalschauplätze der Ereignisse und verwebt Aufnahmen von heute mit zum Teil unveröffentlichtem Archivmaterial aus dem besetzten Paris. Welche ambivalente Rolle spielt ein Priester im Gefüge einer Gewaltherrschaft? Einerseits steht er den Verurteilten bei, gibt ihnen Halt, andererseits ist er Teil des Besatzungsregimes und erfüllt die ihm zugedachte Aufgabe. Dennoch: Für Georges Duffau-Epstein, den Sohn des hingerichteten kommunistischen Widerstandskämpfers Joseph Epstein, ist Franz Stock bis heute von großer Bedeutung für seine eigene Lebensgeschichte.
Nur wenige Jahre nach Ende des Zweiten Weltkriegs stirbt Franz Stock an Herzschwäche. Sein Tagebuch ist ein einzigartiges Zeugnis der Barbarei der Nazis. Eine Stimme gegen das Vergessen aus der dunkelsten Zeit der deutsch-französischen Geschichte.